交流 20000V（60Hz）
基本的な構造・電装関係は変更されていないが大きく変わった点として扉位置が変わった。これは従来の「サンダーバード」用T編成では一部の車両では向き合う場所に乗降扉が無い車両があり非常時の脱出経路及び乗降時間の短縮・乗客の整列乗車に難があり、さらにグリーン車の扉から乗り込み隣の自由席に移動する乗客が相次ぎ苦情が後を絶たない状況を改善する狙いがあった。
さらに、米原駅でのスイッチバックの必要性からグリーン車位置を含め編成全体の向きを逆向きとしている。そして定員の適正化のため基本編成が6連から5連に変更している。
側面のイラストも当初は「Shirasagi Kaetsu」と表記され、「加越」にも使用されたが2003年10月ダイヤ改正で「加越」が廃止となり順次「Shirasagi」のみのイラストに変更された。
2005年には「サンダーバード」の増結用3両編成も製造された。これも扉位置の適正化を図るために投入されたが既に扉位置が利用客に広く認知されていたために12連運転時の10〜12号車に使用されるに留まり3連×4本の製造に終わっている。（しかし反動として7〜12号車で扉位置の適正化が図ることが出来ている）
